Алекс Мерсер очнулся в заплеванной подворотне, в голове никаких воспоминаний, а из руки растут смертельные шипы. Он не знает кто он, почему за ним ведут охоту военные и кто виноват в том, что он превратился в жуткого монстра. Город вокруг него стремительно превращается в кишащий мутировавшими тварями ад, а ему предстоит найти ответу на все свои вопросы.

Prototype дарит вам уникальную свободу действий и дает контроль над самым крутым мутантом, когда-либо появляющимся в компьютерных играх. По ходу дела Мерсер развивает свои способности, так что к концу игры умеет вытворять страшные фокусы, выпуская из тела смертельные щупальца или превращаясь в бронированную тварь с клинком в руке. Действие разворачивается в огромном городе, а вы можете делать, что душе угодно: продвигаться по сюжету, выполнять интересные дополнительные задания или просто побегать по городу, ввязываясь в сражения с солдатами и монстрами.

Игра начинается с разминки на улице Нью-Йорка. Первое задание убить отряд солдат. Расправляемся с ними, без проблем. Где они находиться видно по карте. Когда всех перебили, бежим по синей стрелке. Далее нужно будет опять убить солдат, но их будет побольше, и у нас будут большие ножи вместо рук. Разобравшись с солдатами, бежим дальше по синей стрелке. Теперь у нас на пути будут танки. Вместо рук у нас будут огромные кулаки. Одного точного удара в прыжке и танка нет. Далее на нас нападут большие монстры-охотники, с ними расправимся с помощью огромного меча, который вырастит у нас вместо руки. Перебив охотников, нужно будет поглотить командира. Его будут охранять многочисленные солдаты, танки и вертолеты. Не обращая на них внимания, подбегаем к командиру, нажимаем «Е» и когда поднимем его над собой жмем правую кнопку мыши, все он поглощен. Разминка закончилась.

Начало. После заставки нужно убежать из морга. Прыгаем через забор и убегаем от вертолета по синей стрелке. В конце поднимаем машину, нажимаем «Таb» прицеливаемся и бросаем ее в вертолет. После забираемся на крышу небоскреба. Там нас ждут еще 2 вертолета. Отрываем с крыши контейнеры и кидаем их в вертолеты. После заставки поглощаем командира и принимаем его облик. Бежим по стрелке. Дойдя до здания, проходим через солдат в облике командира, чтобы не привлекать к себе внимания, и входим в здание. В доме спасаем Дану, и разговариваем с ней уже у нее дома.

После разговора с Даной, отправляемся к себе домой, чтобы что-то вспомнить. Бежим по стрелке. Добравшись до дома, осматриваем свою квартиру ударяемся в воспоминания. После взрыва на нас нападет отряд солдат. Убиваем всех сначала у дома, нужно постараться не дать им вызывать подкрепление, для этого необходимо быстро убить солдата говорящего по рации. Когда здесь со всеми покончено, бежим в парк чтобы убить агента. В парке нужно сначала уничтожить танк. Убиваем солдата с гранатометом, подбираем гранатомет, нажатием клавиши «Е» и взрываем танк. Дальше нужно догнать агента пока он не сел в вертолет. Догоняем его и поглощаем. После порции воспоминаний принимаем облик агента и миссия выполнена.

Нужно добраться до желтой звездочки на карте, там начало основной миссии. Добираемся до входа в дом Даны. Прокачиваем персонажа и смотрим заставку. Дальше нужно спасти Элизабет Гринн. Она находиться в здании «GENTEK». Чтобы войти в здание нам нужно, во-первых сломать 2 радара у здания во-вторых поглотить командира охраны. После этого в его облике мы можем свободно зайти в здание.

Смотрим заставку. Молодая девушка ударяет нас и убегает. На нас нападают охотники. Нужно от них убежать. Бежим по стрелке в гараж. Спрыгиваем вовнутрь. За нами прыгает один охотник. Убиваем его гранатометом, затем поглощаем. После поглощения охотника у нас вырастают большие ногти, которые нам помогут расправится еще с несколькими охотниками. Убиваем их пока нам не покажут бочки с топливом. Разбиваем бочки и миссия выполнена, охотники уничтожены.

Добегаем до желтой звездочки, разговариваем с Даной. Нужно увидеться с Карен Паркер, девушкой Алекса. На против входа в ее дом видим дом с пузырями - улей. Входим к Карен разговариваем с ней. потом нужно уничтожить дом с пузырями. Выходим от Карен, поглощаем солдата, и бежим по стрелке на военную базу. В облике солдата проходим через блок посты. Поглощаем командира и уже в его облике заходим на саму базу. Там поглощаем танкиста и в облике танкиста выходим из базы и садимся в танк. Едем на танке по стрелочке в парк. В парке испытываем орудие танка прибив несколько зомбаков. Далее едем к дому с пузырями. Расстреливаем все пузыри, затем заезжаем в синюю зону. Теперь нужно спасти Карен Паркер. Но сначала нужно оторваться от солдат или всех перебить. Подъезжаем к дому и паркуем танк на заднем дворе в синей зоне.

Бежим к желтой звездочке в лабораторию Карен Паркер. После разговора с ней отправляемся собирать генетический материал. Нужно разбивать на крышах домов бочки с водой. Эти бочки инкубаторы для охотников. Разбиваем бочку, которая отмечена красным черепом на карте. Убиваем охотника, который был в бочке, и собираем светящиеся шарики пока шкала в правом верхнем углу не заполниться. После того появиться контрольная точка. Подойдя к ней, видим в низу еще один улей. Из пузырей периодически вылетают желтые светящиеся шарики. Теперь мы должны их собрать на время. Нам будет мешать солдаты и охотники. Но на них время тратить не нужно . Нужно только собрать генетический материал пока не заполниться шкала. Когда она заполниться, миссия выполнена.

После разговора с Даной, отправляемся к военной базе. Нужно пробраться на нее и поглотить командира. Затем в его облике пробраться к патрулю. Потом уничтожаем все патрули в городе. Для этого пробираемся в танк и уже на нем уничтожаем беспилотные разведчики и остальные танки. На карте появиться красный череп это следующий патруль. Едем к нему и разбиваем его в пух и прах. Так нужно будет поступить примерно с десятком аналогичных постов. Когда все посты будут разбиты, миссия будет выполнена.

Пытаемся войти к Дане. Видим солдат устанавливающих вирусные детекторы. Нужно их уничтожить. Разбиваем первый детектор, появляется второй, а после на карте видим еще 8 детекторов. Наша миссия состоит в уничтожении всех десяти вирусных детекторов. Когда все, в том числе солдаты и вертолеты будет уничтожены, задание будет выполнено.

После Разговора с Даной бежим по стрелке к дому с пузырями, поглощаем там солдата и двигаемся в сторону военной базы. На базе мы должны вывести из строя четыре вирусных детектора. В облике солдата подходим по очереди к детекторам и вводим коды. Вводить их нужно быстро, чтобы нас не засекли. В каждый следующий детектор нужно будет вводить на одну цифру больше чем в предыдущий, так что нужно будет поторопиться. Когда все детекторы будут испорчены, звоним МакМюлену. После того как он улетит нужно будет оторваться от преследования и миссия будет выполнена. Погоня будет масштабной, так что придется потрудиться чтобы уйти.

Добравшись до лаборатории Карен, получаем новое задание собрать генетический материал. Взбираемся на крышу дома с пузырями, и прыгаем внутрь дома. В доме бегаем и собираем желтые светящиеся шарики – генетический материал. Прособирав немного к нам в дом спрыгивает мужик с которым предстоит битва. Ему на помощь сначала прибегут много зомбаков, а после еще и много солдат, но мы все равно с ним справляемся. Поднимаемся на крышу получаем укол какой-то жидкости и теряем всю силу которою мы прокачали. На улице расправляемся солдатами и парой вертолетов и миссия пройдена.

После разговора с Даной отправляемся в морг, откуда все начиналось. Разговариваем с патологоанатомом. Дальше бежим к контрольной точке. Там нам нужно забраться в любой из четырех танков. На танке едем по стрелке к зданию с пузырями. У здания нужно будет уничтожить много других танков и вертолетов, они будут отмечены красными черепами на карте. Когда всех разгромим, заберемся в танк командира и позлатим его на этом миссия закончиться.

С высокой трубы направляемся к желтой звезде, в морг. Разговариваем с профессором. Дальше нам необходимо угнать танк. После угона уходим от преследования, и подъезжаем к моргу за доктором. Потом с доктором едем на военную базу. Он начинает операцию, а мы в это время должны защитить лабораторию от монстров. Нужно продержаться четыре минуты что бы монстры на разбили стекло в лабораторию. Если шкала в правом верхнем углу истечет, миссия будет провалена. После истечения четырех минут убиваем остатки монстров, садимся с профессором в танк и везем его обратно в морг.

Заходим в морг. После разговора с доктором, он даст нам шприц с инъекцией. Дальше нам необходимо поглотить пилота вертолета и в его облике сесть за штурвал. Взлетаем, нажатием клавиши «пробел», и летим по к синей стрелке. Прежде чем приступить к основному заданию, нужно протестировать систему вертолета. Прилетев к трем вирусным детекторам нам нужно их уничтожить. Спускаемся на их уровень (колесико верх – верх, колесико вниз – вниз). Итак расстреляв три вирусных детектора приступаем к основной миссии. Летим в зараженную зону для поиска нужного нам охотника. Ориентируемся по шкале в правом верхнем углу экрана. Чем больше она заполняется, тем ближе мы к нужной бочке с охотником. Долетев до нужной бочки, жмем прицел «Tab» после чего сканируем бочку, нажав клавишу «F». После скана охотник выпрыгивает. Нам нужно его оглушать и ввести инъекцию. Подбегаем к нему, вырубаем и делаем укол. Дальше нужно не терять его с виду, подождать, когда выработаются антитела, а после поглотить. После поглощения мы получаем новое оружие – меч и броню. Миссия выполнена.

Добираемся к убежищу Даны. Прежде чем начать миссию нужно купить залп щупальцев. Во время разговора с Даной в дом врывается большой охотник – лидер и похищает ее. Мы должны бежать за ним и не отставать, шкала дистанции в правом верхнем углу. Когда он устанет бежать, то остановиться. К нему на помощь придут его помощники и солдаты. Нужно будет всех перебить и стараться не упускать его из виду. После заставки лидер охотников все же сбежит. На этом миссия закончиться.